De microbiotische samenstelling bij de geboorte is in aanzienlijk mate verschillend naargelang de bevalling op natuurlijke wijze dan wel via een keizersnede verloopt. De verschillende samenstelling kan verstrekkende gevolgen hebben tijdens het verder levensverloop van de zuigeling, met name voor de werking van het immunitair systeem.

In 2010 onderzochten Biasucci en medewerkers in welke mate de microbiotische samenstelling van de darmflora bij de zuigeling (drie dagen na de geboorte) verschilt naargelang deze via natuurlijk of via een keizersnede ter wereld kwam.

Door gebruik te maken van diverse technieken, stelden de vorsers vast dat de intestinale flora bij kinderen geboren met een keizersnede fundamenteel verschillend was in vergelijking met de flora van kinderen op natuurlijke wijze geboren. Een opmerkelijk verschil in het eerste geval is de substantiële afwezigheid van bifidobacteriën en de totale afwezigheid van bacteroïde stammen.

Het is dus duidelijk dat de wijze van bevallen in belangrijke mate de samenstelling van de intestinale flora bepaalt na de eerste levensdagen, en dit geheel onafhankelijk van de ingenomen voeding.

De microbiologische wijzigingen en de stabiliteit van de intestinale flora tijdens de eerste levensdagen hebben een invloed op de ontwikkeling en werking van immunitair systeem. Er kon worden aangetoond dat de immunitaire ontwikkeling rechtstreeks beïnvloed wordt door de aanwezigheid van commensale bacteriën, en meer in het bijzonder van bifidobacteriën. De wijze van bevallen kan bij de zuigeling de ontwikkeling en maturatie van de humorale immuniteit verstoren. Bevindingen die in 2007 door Huure en medewerkers aan de Universiteit van Turku werden aangetoond. Bij hun onderzoek werd de microbiële flora van 165 kinderen tijdens het eerste levensjaar, geboren op natuurlijke wijze of via een keizersnede, onderzocht. Ook het totaal aantal cellen afgescheiden door de Immunoglobulines A, G en M werd bepaald. Er kwam duidelijk naar voor dat bij de kinderen geboren via een keizersnede er beduidend minder bifidobacteriën aanwezig waren in de flora in vergelijking met vaginale geboorten. Het aantal afgescheiden IgA, G, en M cellen bij kinderen geboren via een keizersneden was daarentegen hoger. Het onderzoek laat vermoeden dat door het gebrek aan stimulatie van het immunitair systeem door commensale bacteriën (onder meer bifidobacteriën) tijdens de eerste levensmaanden bij kinderen geboren via een keizersnede, de ontwikkeling van en tolerogeen milieu achterwege blijft. Dit gebrek leidt bij deze zuigelingen wellicht tot een hoger vatbaarheid van chronische inflammatoire aandoeningen, bijvoorbeeld onder de vorm van allergieën of auto-immunitaire aandoeningen.

Zoals hoger aangehaald is de kolonisatie van bifidobacteriën en bacteroïden in de darmflora bij kinderen geboren via keizersnede, opmerking lager. Als gevolg van de aanwezigheid van deze commensale bacteriën zijn kinderen geboren via een keizersnede vatbaarder voor de ontwikkeling van pathogene, astma en andere allergische reacties ontwikkelende kiemen, maar ook diarree. Tal van studies tonen aan dat het fecaal bacterieel profiel vanaf de eerste levensdagen bij kinderen geboren via keizersnede verstoord is en dat deze toestand zo blijft tot de leeftijd van zes maanden. Eén studie rapporteert zelfs dat het onevenwicht van de bacteriële flora bij kinderen geboren via keizersnede aanwezig blijft tot de leeftijd van zeven jaar. Thavagnanam en zijn team voerden in 2008 een meta-analyse uit, en concludeerden dat de prevalentie van astma bij kinderen geboren met een keizersnede, 20 % hoger lag in vergelijking met kinderen geboren via vaginale weg. Deze stelling moet evenwel gerelativeerd worden gezien de grote heterogeniteit in de resultaten van de onderzochte studies.

Er zijn meer en meer aanwijzingen dat samenstelling en ontwikkeling van de intestinale flora duidelijk verschillend is naargelang de wijze van bevallen. Met name bifidobacteriën en bacteroïde stammen blijken significant minder aanwezig te zijn. Anderzijds blijkt uit onderzoek dat de aard van de voeding in belangrijke mate de samenstelling van de intestinale flora bij zuigelingen kan beïnvloeden. Het evenwicht in de bacteriële flora via de voeding kan zeker bijgestuurd worden, zodat het risico op de ontwikkeling van chronische aandoeningen op lange termijn toch kan geminimaliseerd worden. Al in 2002 hadden Isolauri et al. een studie gepubliceerd tonend dat de combinatie van Bifidobacterium lactis en Lactobacillus rhamnosus GG een significante verbetering gaf van de allergische reacties, o.a. astma. Kalliomaki et al. hadden al een jaar vroeger de preventieve kracht van Lactobacillus rhamnosus GG getoond.